南昌大学学者建立中低通量基因分型新方法

南昌大学人类衰老研究所生命科学学院田小利等发表研究称，联合使用多重PCR 和毛细管电泳，建立了一种基于DNA连接酶链式反应的中低通量基因分型新方法，填补了中低通量位点分型缺乏准确、快速而又低成本方法的空缺。

研究者通过优化反应条件和等位基因特异性探针设计原则，实现10 ng DNA 样本一次性分型30 个等位基因多态性位点。

基于改进的DNA 连接酶中低通量基因分型方法，研究者完成了NOD 样受体基因NOD1 和NOD2 与冠心病的关联分析，发现NOD2 基因上位点rs1861759 和rs751271在非高血压条件下与冠心病相关。

该方法创新点在于：（1）在探针上加入人工特异片段控制产物长度和扩增的特异性，实现多个位点的分型在同一个反应中进行；（2）确定等位基因特异性探针设计原则，增加连接反应特异性，进而提高分型准确性；（3） 掺入荧光引物，借助高分辨率毛细管凝胶电泳，实现多个位点一次性检测，增加通量。4）与多重PCR 结合，降低模板DNA 用量。

研究者称，本方法对应于中低通量位点、大样本量的分型需求，这样分型条件一旦确定可以分型大量样本，平均到每个样本的分型成本和工作量较低。

此外，除了经济成本低，本方法的样本成本也很低。通常一代测序每个位点需要至少10 ng 的模板DNA，而本方法平均每个位点仅用低于1 ng 的模板DNA。

第三，本方法快速而准确性高，从预扩增到拿到结果1天内完成，且准确性与

一代测序相当。

来源：李扬，杨熹，田小利. 基于改进的DNA连接酶链式反应发现NOD2基因多态性与冠心病的相关性. 中国循环杂志, 2017, 32: 569.

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