2020-02-23 22:56:48来源:中国循环杂志阅读:12次
中国科学院西双版纳热带植物园官联合华南农业大学和北京脑科中心,通过全基因组数据解析发现,新冠病毒发源地并非新冠病毒并非起源于华南海鲜市场,而是从其他地方传入,在市场中发生了快速传播并蔓延。
研究还根据患者发病时间记录和种群扩张时间推断,也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。
研究收集了全球共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖四大洲12个国家的93个新冠病毒样本基因组数据(截至2月12日)。
93个样本包含58种单倍型,演化关系显示,单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型,通过一个中间载体(mv1,可能是祖先单倍型,也可能是来自中间宿主或“零号病人”)与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,并通过单倍型H3衍生出单倍型H1。
单倍型,在遗传学上是指在同一染色体上进行共同遗传的多个基因座上等位基因的组合,遗传学上可以寻找与疾病的重要特征相关的基因。
与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型,都是H1及其衍生单倍型H2,H8-H12,而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。
此外,研究人员对H13和H38的病毒样品溯源发现,分别来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的患者(美国首例)。
他们的旅行记录表明都是2019年12月底至2020年1月初在武汉被感染。而现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型。
为细分来源,研究人员将58种单倍型分成五组,包括3个古老超级传播者单倍型(H1,H3和H13)和2个新的超级传播者单倍型(H56和mv2)。
广东的病毒可能有三个来源,重庆和台湾的病毒有两个来源。
有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国,患者感染源至少有两个,尤其是美国包括了五个来源。
特别值得关注的是H56这个超级传播者单倍型,同时是澳大利亚、法国和美国以及中国台湾患者的传染源。
研究还显示,新冠病毒在2月12日前发生过2次明显种群扩张:一次是2019年12月8日,该结果暗示病毒可能在12月初,甚至11月下旬已开始人际传播,随后在华南海鲜市场加快;另一次种群扩张发生在1月6日。
研究还表明,新冠病毒基因组没有发生重组事件。
来源:凤凰新闻
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