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从基因层面分析肺动脉高压发生潜在分子机制已是未来热点!江苏学者研究

2020-09-15 08:34:23来源:中国循环杂志阅读:19次

随着基因测序技术的发展,产生了大量的基因信息,肺动脉高压作基因芯片数据的发展已成为研究新趋势和热点。

 

扬州大学临床医学院附属苏北人民医院王大新、仲红艳等利用基因表达数据库(CEO),筛选出可能参与肺动脉高压发生的关键基因和关键 microRNA,为肺动脉高压的研究和治疗提供了新视角。

 

这项研究中,研究者从CEO下载了 3 个人肺组织来源的基因芯片,应用 R 语言和GEO2R 筛选肺动脉高压患者与正常人肺组织中差异表达基因和差异表达 microRNA,并通过 DAVID 6.8 数据库进行基因功能分析和信号通路富集分析,STRING 在线数据库构建蛋白之间相互作用可视化网络图(PPI),TargetScan 数据库预测差异 microRNA 靶基因,Cytoscape 3.6.1 软件构建 microRNA-mRNA 网络。

 

结果获得226个差异基因,其中 141 个为上调基因,85 个为下调基因。

 

这些差异基因主要涉及细胞趋化、炎症反应等生物学过程,主要参与造血细胞系、性别等方面的信号通路,从 PPI 中识别出 10 个关键基因 HGFKIT VCAM1CXCL12ITGAMFPR1CXCL9CXCR1TLR8CXCR2

 

获得29个差异 microRNA,构建了 microRNA-mRNA 网络,并从网络中识别出 5 个关键microRNA

 

DAVID 6.8 在线分析这 5 个关键 microRNA 对应的差异靶基因,发现其主要参与细胞增殖、血管生成、炎症反应等过程,涉及的通路主要是肾素 - 血管紧张素系统、造血细胞系、磷脂酰肌醇-3- 激酶/ 蛋白激酶BPI3K/Akt)、Ras 相关蛋白 1Rap1) 信号通路等。

 

来源:仲红艳,唐珊,赵飞飞,等. 肺动脉高压关键基因的筛选及生物信息学分析. 中国循环杂志, 2020, 35: 793-800.





转载:请标明“中国循环杂志”

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