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CSRD2023|尹烨教授:罕见/遗传/发育病的过去、现在和未来

2023-09-28 10:33:14来源:中华医学会第一届全国罕见病学术年会阅读:105次

会议官网中华医学会第一届全国罕见病学术年会 时间:2023/09/22~09/23 地点:北京国际饭店 进入会议

近日,中华医学会第一届全国罕见病学术年会在北京召开。本次大会由中华医学会、中华医学会罕见病分会主办,北京协和医院承办。会议以“因罕而至,共护健康”为主题,搭建起高水平学术交流平台,进一步助推我国罕见病诊疗、防治及研究事业高质量发展。华大集团CEO尹烨受邀进行大会特邀报告分享,文章为尹烨先生大会分享内容:

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非常荣幸今天能有这样一个机会跟大家分享我对罕见病的浅显见解。

其实对罕见病最开始的认知还真得感谢张学院士。当年我们一起做千种单基因疾病时,张学院士在讲怎么去找一个好的方法把外显子往两边扩,然后找到那个基因,这些是非常有意思和有启发的,让我印象很深。

然后陈万金副校长,其实您前面提的5万元做一例外显子,当年我们可以做到3.5万一例,但那时我们用的还是国外的设备,没办法更低。今天我们的核心工具自主可控,肯定不再是那个样子了。

张抒扬院长今天非常了不起,因为罕见病最重要的其实是连接,不光是一个技术上的事。如果光是技术就能解决,罕见病也就没那么难了。

我想说,没有人是完美的。

大家看霍金,罹患渐冻症,但他了不起吧?然后林肯,大家推测他大概率是马凡综合征。再比如以一己之力祸害整个欧洲王室的维多利亚女王,患血友病。当时还搞不清楚伴性遗传,所有的公主嫁出去了,嫁一个王室就多了一个传男不传女的疾病,人们一度认为是一种诅咒。梵高,为什么看到的颜色跟别人不一样?我们怀疑他是卟啉症,铜代谢异常,他看到的绿和我们看到的绿就不一样,所以所有人都喜欢梵高,除了在他活着的时候。李白也是这个样子的,死去100多年后才开始火。

 

什么意思呢?我们今天在讨论一个罕见病的时候,一直在厘清相关的概念,其实罕见、遗传、发育这些是在一起的,所以它有过去、有现在,而我们更想看一看它的未来会走到哪去。

“罕见病”其实在1645年就有了,最早由孟德尔记录了一个“双拇指”的案例,这个时候清朝刚刚建立。

刚才大家也都讲到了一个问题,我们研究人的时候也要去研究“非人”。比如说手指最多的动物是什么?蝾螈有8根手指,8、7、6、5、4、3,这些不同的手指数量本身就是基因组的调节。

所以我们今天看到,很多动物上的常见型别恰恰是人身上的罕见型别。换言之,人身上出的“问题”,恰恰是很多动物在演化过程中出现的一个反复组或者错配现象,这是非常有意思的一个事。

 

二战以后,英国在伦敦建了第一家遗传咨询诊所。

1952年,G6PD,也就是葡萄糖-6-磷酸酶缺乏症被定义了出来,这是大家今天做新筛都会知道的一个疾病。

1953年,我们开始知道可以通过饮食来干预和调节一部分疾病。

1959年,唐氏综合征正式被Down定义。

1977年,澳大利亚先出了第一本罕见病的药法。

1983年,美国出了孤儿药法案。同年,亨廷顿舞蹈症成为第一个基因被定位的遗传病。

1990年,全世界第一次基因治疗出现了,当时治疗的是一位腺苷脱氨酶 (ADA) 缺陷的4岁女孩,由于种种问题,病人不幸去世,所以被叫停了很长一段时间。

2009年,二代测序逐渐走到市面上,大家可以对各种各样的基因进行广泛的测序。2010年,用二代测序就发现了新的、米勒综合征的致病基因DHODH。所以陈万金教授刚做二代测序的时候,这个技术也刚出来,价格确实很贵。

 

2011年,我们已经可以借助全外显子组测序来进行对应的药物治疗了。

2013年,第一个基于高通量测序的IVD试剂获批,用来检测白种人中高携带、高发病的囊性纤维化。

2014年,全球第一个基于NGS的无创产前基因检测获得国家食品药品监督管理局批准,这是华大注册的。在此也再次感谢大家,基本上当年中国所有的产前诊断专家都给了很多帮助。

2015年,中国第一次在世界舞台上因为基因编辑引起一次小小的波澜,不算大,毕竟这是一个放弃的胚胎。黄军就教授当时尝试用CRISPR去修复地贫缺陷基因。

2016年,韩春雨找到了另外一种独立于CRISPR的基因编辑技术,当时大家在是不是造假的问题上讨论了很多,到今天依然有学者认为这个技术有潜力。不过,我们确实也看到了,基因编辑远远不止CRISPR或者ABE,古细菌当中能看到的基因编码方法就有很多。

2018年,出现了一个大家提起来都很头大、争议也特别大的事,贺建奎直接编辑了人类的生殖细胞,也直接推动了《生物安全法》的出台。

这个事前前后后被讨论了三年,一直到华盛顿人类基因编辑 (HGP writing) 会议上写计划时大家还在讨论,一部分人认为基因编辑就得做,总要有人去吃螃蟹,一部分人认为就算总得做,也应该讲清楚怎么做。今天我们能接受的伦理学边界是可以编辑体细胞,但不能编辑生殖细胞。这有点像潘多拉的盒子,一个技术其实并无好坏,但一念成佛、一念成魔。

 

当然,我们也看到了,2020年诺贝尔化学奖颁给了CRISPR/Cas9,这就是说一个技术还是会动态的进步。同一年,CRISPR已经可以通过静脉去治疗hATTR这样一个蛋白质疾病了。

2022年,第一个治疗B型血友病的疗法Hemgenix、类似于基因药物开始上市。

今年上半年,华大的子公司禾沐基因和云南一家医院合作,用腺病毒载体修复了全球第一例α-地贫,它不是一个点突变,而是一段、是一个结构变异,现在输血的效果还是蛮好的。

 

其实再往后,应该会有越来越多的基因编辑技术出来,至少到这一刻有26种基因治疗获得了批准。目前还成立了国际罕见病研究联盟 (IRDiRC),他们预测,按目前的速度看,到2027年估计会有1000种罕见病疗法问世。刚才我们看到协和已经有大量的药物,同时也能看到大量基于基因编辑、基因疗法的临床也在涌现。

另外,我特别想提醒大家关心一下这个文件。今年的3月23日,白宫发布了《美国生物技术和生物制造的明确目标》,提了几个明确的点:

• 收集多组学数据,在20年内,开发1,000美元的多组学分析工具实现这些目标。

• 扩大规模,在20年内,扩大细胞疗法的生产规模,以增加生产方式,并将细胞疗法的生产成本降低10倍。

• 在20年内,将人工智能和机器学习(AI/ML)纳入国家资源实验室网络设计新的生物治疗药物,将新药发现和生产的速度提高10倍。

• 在5年内,进一步开发可供临床使用的基因编辑系统,以确保能够在几乎没有副作用的情况下治愈10种已知遗传疾病:在20年内,加强生物制造生态系统建设,每年生产至少500万剂治疗性基因编辑药物。

实际上,这也是继奥巴马政府后,拜登政府对于生物技术和生物制造提出的精准目标。它不光说了美国要干啥,还说到多少年要做到多少例、成本要降到多少,里面还有大量关于合成生物学等一系列的内容,建议大家可以去看一看。

所以这一段我想说的是,所谓技术,过去异想天开,今天勉为其难,未来习以为常。

 

1978年,爱德华兹做出第一例试管婴儿时,大家都骂他是“恶魔”,到2010年,已经有320万个孩子因为这项技术问世,32年的时间也让他从一个“恶魔”变成一位诺贝尔生理学或医学奖获得者,这过程中什么变了?实际上是技术被接受的程度变了。什么没变?医者仁心没有变,他不是沽名钓誉,只是想为这些无法生育的家庭带来希望。这是我们医者的本心。

已知圈越大,未知圈更大,我们不能唯技术论,但要相信技术,要确保技术向上向善,切记举头三尺有规律。在做技术的时候,我们还是要明白,要有伦理、法律、道德、宗教等这样一个边界。

我一直讲,在这个领域我们经常感到的是,没有科技的人文可能是愚昧的,但没有人文的科技一定是危险的。特别是当我们能编辑基因了,肯定会碰到各种各样的障碍,但当你看到很多罕见病病友时,又会觉得,如果有了这个技术而不去帮他们,似乎也是另一种罪过。

这就是所谓的大医精诚。在这个过程中,你如何能够去跟患者更多地共情、如何确保技术向上向善,是很重要的。

 

接下来,我想聊一聊罕见病的群防群控史,或者可以把它理解成遗传病。

首先,遗传病是可以被消除的。

最典型的就是犹太民族,群体不大,很多人可能是近亲结婚,出现家族性遗传泰伊-萨克斯二氏病 (TSD),一种致死性的黑蒙病,基本4岁前就会死亡。但通过大概40年的努力,包括做各种婚前的筛查、检测,特别是病友会、犹太教团体、社会服务机构共同推动,再加上约翰霍普金斯大学的公共卫生策略支持,到2003年的时候,尽管北美还有10例TSD患儿出生,却已经没有任何1例来自犹太教家庭了。

换言之,这有点像我们前几年抗击新冠疫情的群防群控。当我们在对一个case、一个家系的时候,它可能是这一家人的问题,但当我们集体预防一个遗传病的时候,它一定是一个社会问题,是一个多方合作的情况。

当时他们有这么一张照片,在庆祝这一民族摆脱“诅咒”。当然,过去理解的是诅咒,而今天我们知道,这其实就是一个基因上开的“玩笑”。

同样的,比如说地中海贫血。塞浦路斯 (就在地中海边上) 通过13年时间使地中海贫血出生率几乎降至0%。虽然这个病的名字叫地中海贫血,但实际上地中海附近已经没有了,中东、东亚 (包括中国) 的发病率却还很高。

 

所以,我们能看到不管是塞浦路斯,还是伊朗、沙特,他们都用各自的方法来做一级预防,在孕前、婚前进行对应的诊断,如果有问题,就做产前诊断或者转到试管婴儿来解决。

其次,发育病其实也是可以控制的。

比如说唐氏综合征,这是我们在妇幼筛查体系中非常关心的一个疾病,临床发病率约在六百到八百分之一,而且35岁以上怀孕会极高比例地增加,各个种群之间没有显著差异。这不是遗传病,唐氏儿大概率是没有孩子的,也都是正常妈妈生的。它是在减数分裂时出现了问题,所以关键就在于要让每一个妈妈能够做得上这个检测。

我们在深圳做无创产前基因检测,到2018年,能看到当检测率上去的时候,唐氏儿的活产率就下来了。同样,河北前后已经做了4年、150万例的唐氏综合征的筛查,活产唐氏儿最后只有2例,基本上在河北实现了“天下无唐”,最重要的是它的投入产出比非常高,大于1:10,一会我还会有一个详细的报告。

关于无创产前基因检测,实际上这个问题刚开始张院长、张院士都讲过了。

啥叫罕见病?我觉得这个概念太复杂了,各个国家的国情不一样,情况也不一样。我们今天知道的罕见病种类很多,但实际上在欧洲的发达国家,有很多不错的医学实验室,像丹麦,人口大概也就560万,一年几乎生出5万个孩子,它能遇到多少罕见病病例?所以如果没有一个多国家交换病例的体系,它既遇不到病例,也很难做出一个精准判断。

但欧洲几代人的随访信息做得很强,它的病例活检做得很强,像荷兰的奈梅亨医学中心,本身就是这方面的老牌机构,服务人群差不多涵盖了北欧地区,地位接近于北京的协和、山东的齐鲁等大医院。

如果从GARD收录的数据来看,到2022年9月,有不到6,000种罕见病。当然,我相信这不对,因为今天大概还有40%的人类基因连功能都不知道,所以1万种可能也远远不止。举个例子,如果一个基因一个病,我们2.2万个基因,至少也对应2万种疾病。从大概率上讲,每一个基因至少能出错一次,这是件很正常的事,更不用说一基因多病、多基因一病、多基因多病,这就更复杂了。但目前人类的认知可能就到这了,OMIM数据库里面看到的、分子机理明确的疾病表型也就7,424种。

人类现在的科研文章大都停留在关注少数几种罕见病,囊性纤维化、神经纤维瘤这两个有2万多篇文献,其他的就非常少了。也就是说,8,000多种罕见病里可能只有80种是我们研究得比较多的,绝大多数我们都还不太清楚。

从1983年到现在,FDA一共批准了610种孤儿药物,但不都是治遗传的,还有治肿瘤的、治感染的。也就是说,尽管我们的药物开发越来越多、我们对疾病的认知越来越多,但还是只有5%有办法、95%没办法。

我们在讨论罕见病的时候,大家首先会考虑遗传的问题,慢慢地会明白有罕见肿瘤、罕见感染,还有因为环境和过敏引发的暴露组学下的罕见病。因为如果从发病率的角度来看,它未必是遗传的,可以是条件致病、环境致病,也可以是其他任何的耦合致病。所以整个罕见病的体系建起来非常有意义,就在于提醒大家,我们可以越来越多地关心这一部分。你要不管他,这样一个群体就没人管了。

 

这个问题刚才几位大咖都讲过,我们国家现在一共有多少种“法定”罕见病?207种。第一批罕见病目录收录121种、第二批收录86种,这是非常重要的。

大家觉得进目录有什么好处?很多时候人们是要算商业账的,进了目录的疾病国家就管了,药物、诊断试剂就会有绿色通道。所以等于说能进目录和不进目录有着天壤之别。相信各位专家为此已经费了很大劲,但考虑到中国的国情,有一个目录就是比没有目录要好。

2018年,我就在琢磨渐冻症进目录这个事。但渐冻症是一种病吗?现在至少几十种病都被归到渐冻症里面,是一类大病。所以在第一版目录出来时,有专家认为不完美,但是有里程碑意义,因为咱们国家是第一个以目录形式来管理罕见病的,这是我们从公共卫生医疗支出负担的角度来给出的这样一个定义。

2023年9月20日晚上,因为要来参加这次会议,我突然发现这个目录出来了,仔细看了一下六七种病,好像都能治,我明白了,整体原则是可诊可治,这个就要感谢张院他们牵头做的NRDRS (罕见病登记制度),当然还需要鼓励大量地去登记。

我们这么多人、这么多偶发事件,如果都登记上就不一样。肢端肥大罕见病病友会的负责人海宁讲过一句话:“纳入目录最大的意义在于被看见”

刚才讲的疾病,如果今天您不是做这行的,基本很难知道我们在说啥,这个领域它跨度太大,很多罕见病医生几乎都是全科医生,哪一个系统的问题都要去管,从遗传诊断到各种影像学、活检、多个系统,这是一个很重要的事。

所以罕见病的关键是要呼吁更多人关心。

我也总结了一下当前罕见病的几个问题:

 

第一个,现在无药可用,未来无药在研。

这样的疾病很多,怎么办?交给AI。大家要相信今天的量子物理+AI制药,不仅可以根据大数据进行归纳,还可以演绎、直接计算,这就叫“先算后验”,很了不起。

新冠疫情期间,美国有家公司叫薛定谔,中国也有家在深圳的公司叫晶泰科技,帮助辉瑞把抗逆转录病毒药物Paxlovid算出来,在这个基础上再去修正,大幅减少了药筛时间、保证了成功率。以前我们是做分子的药筛,现在它叫virtual screening,虚拟研发、虚拟筛选。

 

第二个问题,海外有药,国内无药。

全世界目前大概有2,600种成分在研究,中国差不多占1/10,300多种。海南博鳌乐城就先走了一步,允许先行先试,不需要出国。现在讨论深港合作,在深圳福田的河套,也要搞这个政策,因为香港是可以同步用欧美已经上市的药物,而且海外医生可以直接同情用药的。中国目前的体制还不支持,但我觉得这件事情还是非常有意义的。

 

第三个,当下有药,即将无药。

什么意思呢?比如说“灵魂砍价”很重要,但它也带来另外一个问题,现在很多药厂因为价卡得太低,走了。比如治疗黏多糖贮积症的药,2024年5月将要退出中国,我们现在又没跟进,怎么办?这也是我们要讨论的问题。另一个14万元、用于治疗中度或重度神经营养性角膜炎 (NK) 的眼药水,也面临同样问题。

也就是说,在这种利益、研发经费和以患者为中心之间的平衡怎么做,是值得讨论的。并不是越便宜越好,如果都便宜到了没有钱去做研发也不行,都太贵了可能也不对。

所以可能解决窘境的方法,第一个,能不能在丙类目录当中列出一部分药,高价值的量力而为,医保报销多少,剩下的大家自费。上海7月份已经出了一个医保加商保的支付政策倾斜,这也是全国首例。这两件事情其实都创造了一个多元化支付的可能。

《我不是药神》当中唯一没有演出来的,就是原研药研发的困难。举个例子大家可能就懂了:福特公司请斯坦门茨去修一个电机,最后很简单,多缠一圈线就完了,收多少钱呢?1万美金。怎么收的呢?换这条线就1元,知道这个线在哪要花9,999元。

换言之,很多小分子药研发花了10个亿,制造成本可能就1毛,但你不能要求他1毛钱卖,大家一定要明白这个账。归根结底,我们还是需要利润来支持研发的,所以你看国际大药厂是赚钱再做公益和慈善,这可能也是一个值得讨论的路径。

吉德林法则说的就是这个事:“发现问题往往比解决问题更加重要,把问题清楚地写下来,就已经解决一半了”。

网上经常会看到这类故事:吃了三个月维生素B2,纯红细胞再生障碍贫血就好了。我们有时候也特别怕这类媒体,原来说需要骨髓移植甚至化疗,现在3毛9就好了,但这背后你得做测序,发现这是一个SLC52A2的变异,导致维生素B2紊乱。那个药就3毛9,但为了找到这个病因需要一个高年资的医生,还得做WES甚至WGS。在媒体那,我们发现问题的这部分完全就不讲了。这需要在全链条、全成本中进行普及,让大家互相站在对方的立场去理解未来该怎么办。

今天的基因检测,还有很多需要改进的地方,我们的解读跟不上。现在我们的解读拿到的都是一维数据,那叫“测量”,然后给它翻译成“译量”,还得让老百姓能听得懂,那叫“悟量”。这个过程中我们缺大量的遗传咨询师,或者叫基因组咨询师,这是我们共同要解决的方向。

 

最后一个问题,最大的失败不是研发失败,而是研发成功,大众却负担不起。

最典型的是2023年美国价格前10的药物,最贵的350万美金一剂,最便宜的84万美金一剂,全是罕见病用的。网上总在讨论,出来了跟没出来好像也差不多,甚至还不如不出来。不出来,大不了我就忘了,出来了,你有钱不给我治,这多尴尬。

中医讲的一句老话,“但愿世间人无病,何妨架上药生尘”。因为做诊断、做治疗大家都是专家,我想说解决上述问题还有一条路,防大于治。一定要把整个罕见病、遗传病的预防提到一个很重要的位置上去,比如说天花我们治不了,通过全民接种疫苗,中国1960年就远离了天花,世卫1979年才远离天花。同样地,如果我们可以把基因检测做到极便宜,做到一级、二级、三级预防,就有机会远离这些治不好、治不起的遗传病、传染病、晚期恶性肿瘤。当然,这也要求我们的诊断越来越精准、检筛查越来越精准。

 

《柳叶刀》上有一篇我当时看了特别自豪的报告——《中国妇幼健康70年报告》。上面提到,我们的母婴死亡降幅超过97%,这是一个非常漂亮的数字。

中国今天出生缺陷率是5.6%,大概在全球这个位置,可以看到最低的法国接近4%,最高的苏丹接近8%。

如果单纯从产前这个角度进行干预,包括都上三级预防,不管是单基因疾病、染色体疾病、畸形或超声异常,这5.6%我们还能降到多少?我们做了个估算,按照今天的技术极限看,大概是2.8%,只能解决一半。这个过程中有大量的疾病,不是单纯的基因就到表型了,过程很复杂,特别是我们在这里写了一句话,像核磁共振这类设备到底能不能在孕妇上用?

 

这里我也给大家介绍一个新技术,全球第一台移动核磁。原来核磁得用到超导,但用液氦做不了移动式的,这个是用稀土永磁体做的,叫科大福晴。这是在中科大安徽做的第一台设备,装到车,就可以到偏远的地方做核磁了。如果腔体做大,是可以给孕妇做检查的。在很多结构异常、超声看不清楚的时候,核磁就能发挥作用了。

我想说的是,我们真的要多找合作伙伴,多去看哪一个领域会有黑科技冒出来。我是做基因的,但也需要影像,如果移动车能下去,大家就不用跑到大医院才能看了。

再比如这个地中海贫血的故事。我们做了很多年的地贫,它是可防可治的。最早我们想做地贫就从华大总部所在的盐田开始,2010年开始用高通量做,2014年开始报专利,2015年开始发论文,开始大量地提供中国位点,开始定义自己的标准,到2016年已经有很多的民生筛查项目了。

2017年我们成立了公益基金开始救助,2018年我们终于把新技术纳入指南,2019年技术开始获得整个行业认可。2021年我们开始启动基因治疗,2022年我们终于拿到了IPA认证,到2023年我们已经开始批量地去治疗对应的患者。

这其中很多是以公益的方式来做的,从最开始到今天做了15年。有多少家公司能坚持15年?有多少个合作伙伴能一起陪你走15年?罕见病真的是一条很漫长的道路,但大家一定要有信心,这条路一定能走得下去的。

 

再比如说唐氏综合征,最开始我们提出来时候,孕妇外周血就能查到孩子的游离DNA有没有变化,它是不是一个染色体非整倍体异常,很多人都不信。但今天我们看到,在河北基本上已经实现了。

我总结了以下5件事:

第一个,自主可控的核心技术;第二个,强有力的政府组织;第三个,正确广泛的科普宣传;第四个,多方参与的科研合作;最后一个,公共卫生同步评价。

这5件事都进去,这个事才能做到。北京今天查一个唐氏一千多元,河北现在才352元,为什么河北能做到这么便宜?60万新生儿一起做就可以这么便宜,全国一起做大概200多元,它就跟核酸检测一样,是一个量和价的问题。

所以,不是说这个问题是公司单方面降价就行,政府也得进去,宣传也得跟上,这些都很关键。

 

我也特别想和大家聊聊这背后的无创产前基因检测技术 (NIPT),它为什么如此重要?又到底是什么?

1947年,法国科学家发现,我们的外周血里有游离DNA。1997年,卢煜明教授发现,原来怀孕时孩子的DNA也能进到妈妈的血管内。那么从技术发明上讲,是我们第一次有了一种测序的方法,可以把血液当中的游离DNA一网打尽。从原来的测不起,到后来能测得上,已经是2010年的事了。

产业发展上,从2010年华大开始建第一例临床样本,到现在一共发了93篇论文、拿了86项专利,还定了6个标准,这都是一边走、一边做的,才有了今天河北的352块钱一例。

NIPT是2023年除了新冠以外的所有体外诊断试剂中单一最大销售品类,因为它覆盖面广,中国1,000万新生儿的时候覆盖率大概是40%~50%,也就是说每一年在中国的销售额 (厂家口径) 能做到25.3亿元,产业上也做到了可循环。

在此一并感谢历届产前诊断专家组,特别是协和的边旭明先生。1997年他率先引进了血清学筛查,后来又把产前诊断带进去了。

这个技术从2012年推到现在,整整12年了。虽然边先生已经离我们而去,然而饮水不忘掘井人。我坚信张院长今天做的事情也终将会为罕见病掘一口非常甘美的井。

华大到今天做了1,370万例的无创产前基因检测,全世界一共做了4,300万例,总的阳性率大概是1%,我们帮助13万家庭预先知情了可能的出生缺陷。后来的临床结局大家自己选,当然要结合影像、要配合到今天的筛查系统,不是说就这一个检测就行,但这个检测很有用,不然以前要做羊水穿刺,我们没有这么强的能力,保证大家都可以安全地做这样的检测。

而更重要的,我想讲这张图,NIPT开始做的时候,我们只测6兆的reads,大概600万条序列,接下来测2,500万条序列,然后加上双端分子标签目标区域捕获,再加上目标区域两个区域捕获的测序,就从只能看染色体的非整倍数异常,逐渐可以看结构变异、拷贝数变异、单基因疾病,一步步上去了。这是一个典型的、随着数据量增加,在临床上发现的更多的案例。孕妇给我的还是一管血,我的成本也仅仅就是测序量的增加,但这个过程中我的发现更大了。

 

很多人问我,为什么这个东西会引发大数据的进步?我们甚至还可以加大测序深度,组装出母亲基因,但不需要,因为我们知道游离DNA不是白细胞,白细胞里有完整的核基因组。

当然,我们证明测序量大了以后,只测妈妈的游离DNA也能组装出妈妈的基因组,它跟从白细胞里提出的核基因组一致性可以达到98%以上。也就是说,把孩子的诊断测完以后,妈妈的基因组也给装出来了。这其实没有多收一分钱,只是在这一网撒下去的时候,所有的鱼都被捞了上来。逐渐地,当我们可以把DNA、RNA、蛋白、代谢,包括外源的微生物,这一多组学检测都跟上时,就可以看到一些发育性疾病,比如说妊高征、先兆子痫等。

这是个特别有意思的案例。我们找到一个孕妇,她不是一条染色体异常,也就是说她的孩子不是21三体或18三体,而是多条染色体都异常了,重测序还是这个结果,到了三遍依然重复出一样的结果,我就知道不是我们的实验错了,可能是有些信号在告诉我什么。妈妈得肿瘤了,肿瘤是特殊的胎儿,大家这么理解一下,它一样会把游离DNA给到妈妈的血内,所以在一网打尽的时候,我既测到了妈妈的cfDNA、胎儿的cfDNA,还有肿瘤的cfDNA,这件事情就变成孕期肿瘤了。

我们做了193万例的时候,发了一篇文章,每6,000个孕妇当中有1例既怀着孕又得了肿瘤。如果在做产检的时候,有这个现象就要告诉临床医生你应该怎么做,可能要去做一个很简单的、比如说肿瘤标志物就行了。这类就是大数据能看到的。

再比如,我们今天看耳聋基因的携带北高南低,地中海贫血的携带南高北低,也就是这个样子。

 

这是我们跟某地妇幼做的一个项目,蛮有意思的一个回顾性验证。48万正常孕妇做无创的回顾,发现26%的孕妇都带300K以上的一个CNV,我们以前认为100K以上就有问题,300K以上可能有很大的问题。

更有意思的是这里面发现了38个45,XO特纳综合征,有6个是完全型的,教科书上说这样的女性不能生育,但她们都是当了妈妈的。这就提醒我们,很多以前的因果关系可能要重新修正。以前只查了病人,然后就以为是因果,其实它是必要但不充分条件。

我们看到有了大量的回顾验证,我们会重新定义正常的情况。其实每个人的基因组,后来被发现都是嵌合的,大概37万亿个细胞里面有一小部分,即便同一个人的不同组织器官也是不一样的,这是蛮有意思的事。

我特别想讲一句,做无创时,我们有两条路线,要不“钓鱼”,要不“捞鱼”,我们可以做目标区域捕获或者PCR,也可以做全基因组低深度的覆盖。

国际上不同厂家的路线是不一样的,但到今天我们可以很确定地讲,如果一开始做“钓鱼”,当然便宜,但是错失大数据,少了很多机会。比如说能做WES的,你非做目标区域捕获,能做WGS的,你做了WES,就少了一些东西。“捞鱼”开始贵,但是成本是会下降的,技术进步,每条鱼的单位成本就越来越低,甚至可以涸泽而渔。就像刚才陈校长说的,我一网打尽了,这个时候各种多组学的结果也跃然纸上,这是技术进步所带来一个福祉。

现在全球有20个国家启动了国家基因组项目,WGS的样本有多少?已经有300万了!这种大规模筛查一定会带来大规模发现。比如说这个540万人的荟萃分析,就把基因跟身高的关系讲得比较清楚了。

这是我们在另一个地方做的民生项目,1万个新生儿全部做WGS,发现247例新生儿有遗传上的有害位点,其中男性146例、女性128例、38个基因、十大类疾病。

讲一个大家能听得懂的,或者说觉得有用的,当地老百姓问我们到底能干啥?比如说有氯吡格雷慢代谢型,它在该地的新生儿中频率中高达0.3,60岁后要用药就知道了,这是一个人的药物基因组,可以避免很多问题。

 

大家总问大数据有啥用?

 

其实人类基因组就是个大数据计划。我们开始做人类基因组的时候也没有想明白它凭什么能跟曼哈顿原子弹计划、阿波罗登月计划并称为大科学工程,后来奥巴马说,人类基因组投了38亿,最后的收益是8,000亿。

如果生命是一个语言,就四个字母“A、T、C、G”。我自己总结测序就是读,转基因就是引用,基因编辑就是改,合成生物学就是创,基本现在所有做基因领域的研究就在这几个方向上去做。但归根结底今天还逃不开1958年克里克从DNA到RNA、到蛋白质的中心法则,这是自然语义的一个处理。

刚才张院士也讲了,今年的拉斯克奖就发给了AlphaFold,帮助大家预测蛋白质折叠。同样的,前面嘉宾提到的AlphaMissense,把AlphaFold的模型改了一下,第一次帮助大家解决临床意义不明的突变 (VUS)。

当然我们也看到了这个问题,今天临床上不能当证据用。这种全局预算对我们的循证医学提出了巨大挑战,因为每一个位点按照ACMG的标准,要两篇以上的文献、一大堆的法则,再确认它的等级强度。我们能看到的,就在于这个处理速度实际上是非常快的,它是7,100万个位点,用人是做不完的,所以未来我们做遗传咨询或基因组咨询,一定会很好地跟AI配合在一起。

华大在做一个类似的项目,所谓的在基因组领域的GPT,它真正能够赋能医生。当然,我们永远替代不了医生。病人看医生要的是信任,而不是你给我讲的那个道理,但我们能帮助医生去把这种自信提上去。

可以看到,平台-数据-模型这个良性循环的时代正在到来。既要有平台,又要有数据,还要有模型,我们的整个诊断和解读就会越来越好。

 

大家经常会听我做科普,为什么要做科普?实际上,每一个技术真正普及,不管是地中海贫血,还是无创产前基因检测,都需要成本可控、渠道可及、认知正确。否则,大家都不来做检测,这也是不行的。

所以,改变从了解开始。罕见病的目录提出来,就让大家看见,我们开始关心,这就不一样了。

网上最常见的说法“罕见病没什么大不了的,听名字就知道了”,其实,“中国不低于2,000万”的说法已经非常保守了,实际可能6,000万甚至更高。

第二个,我也听过很多专家讲,“祖上八辈都没得过病,肯定没事,你们俩放心结婚”。是这样的吗?实际上我们都明白,罕见病患者都是“正常人”生的,但他们几乎没有后代。每个人都至少携带了7个有害突变,看似正常,就怕有相同突变的两个人碰到一起。

有很多各式各样的误解,如果讲不清这个道理,很多人就不愿意做对应的检查,真的生出孩子来,那太惨了。

我见过一家连生三个孩子都是地中海贫血,就是不愿意提前查一下,这不就是科普没到位?

再说说公益。其实我们一直在做很多公益项目,但我特别想说,公益不是一个人做很多,而是每个人都做一点。不一定要出钱,你能帮着摇旗呐喊、帮着转一转,都是一种公益。

这么多年,华大还是做了非常多的公益项目,特别是在援助地中海贫血上,包括一些HLA的配型等等,都是这么做过来的。

 

再给大家讲一个华基金诞生的故事。这是我们永久免费为中国患血液病的孩子做HLA配型的项目,所有的钱都是华大高管捐的。最开始我们发现中华骨髓库的库容很高,但每次要配型就得从别的国家弄,甚至好多时候要从台湾弄,为啥?一问,虽然我们入库样本多,但都是低分辨率的,需要高分辨率才能直接做。为什么不能用高分辨率?因为贵。2009年一份低分辨率就450元,高分辨率3,800元,成本覆盖不了。这个问题的根源就在于能不能用低分辨率的价格来做高分辨率,今天做到了。去年我们就是用高分辨率的来做,一份不是450元,而是260元,有8.25万份。所以从这个意义上讲,批量上来了,价格就能下去。

你看我们今天临床的收费,1个位点还是会收800元,5个位点就要收4,000元。如果有白血病、地贫、镰贫等血液疾病,要做配型的,直接到华基金,连快递费都省了。

我们现在已经提供了差不多2万例,惠及6,000多个家庭。这件事情就让很多家庭在配型上省下钱了,如果能配上型、再去做骨髓移植,就比较有靶向性。很多人是因为不知道能不能配上,第一步的钱就不想出,而且这不是一个人4,000,一般要测3个人,所以是那1.2万不想出。但实际上,可以通过这个方式来做,这样的公益也是一个很有意义的探索。

还有大家可能知道的,我最近玩命地帮蔡磊先生做的渐冻症,这是一位都快离开人世的先生,他还在努力地呐喊。我刚刚和他完成了第一批渐冻症样本,测了177个样本、74个家系,有一点点让人高兴的是,文献显示用其他方法测的渐冻症新发突变只有10%,我们现在发现是31%,但还在做验证,马上就会启动第二批。也许这个事情还要再做几百个家系,我们才能稍微往前走一步。

我相信蔡磊这样一个让我深深感动的灵魂,就像我相信今天所有来的人都有这样的灵魂。

 

冯岚前几天在湖南罕见病大会讲了这么一句话,“例如基因检测公司华大基因免费为渐冻症患者做全基因组这个序列测序,产业界和学界要一起去发现渐冻症的发病原因,如果不知道这个原因,先进的基因疗法都不知道从何而去。”这真的要大家一起来做。

科学上,我们现在对罕见病的认知永远在路上。比如说每个人都携带有害的位点,我身上有7个,只要保证我老婆没有跟我一样的,这事就不怕。

 

第二个,很多我们认为携带致死突变的人,都好好的,没事,然后还有天然存在很多的基因敲除人,比如说CCR5-delta 32,就是不得艾滋病的,他们都是非常好的、为人类奉献的群体。包括我们以前耳聋筛查GJB3,后来发现GJB3跟耳聋没关系,但这个项目发现时已经是做了几百万以后,回顾性验证时我们才会发现这样一个结果。

还有单亲二倍型,两条染色体都来自父亲或母亲中的一个,有没有问题?以前认为有,但现在看大概没什么问题。

所以科学上对于什么叫正常人的概念并没有那么“清晰”,特别是基因上是没有人完美,我们还是要继续去做。

关于技术。现在测序技术是人类历史上成本下降最快的一个技术,今天一个人的全基因组测序不再是第一个人的38亿美金了,99美金的试剂成本就能全部做完,大概2000元人民币就能覆盖掉我们的成本。

 

这是华大智造的测序仪T20,它把中国的基因检测拉到了全世界最便宜的价格。这是我们的实验室,也欢迎大家以后来深圳的时候到我们这看一看,就是都不是大家想到的瓶瓶罐罐和试管了,而是用全自动的方式来做的,我们现在唯一的限制步骤是解读。100万样本一个月就能给你测完,但是解读还不行,我们也在快速地提升这个能力。

我想说,显微镜告诉我们微生物学,测序仪告诉我们今天的基因,华大又出来了新的时空组学技术,这是什么呢?

大家看中间的图,这是一个小鼠的胚胎,今天华大的技术可以把一个哺乳动物的细胞按照500纳米的分辨率看,也就是一个细胞20×20、400份地看。我们能看到基因、细胞核、细胞质、跨不跨膜,包括还能实现DNA和蛋白的联检,这个技术对罕见病的病理是非常有帮助的,也欢迎大家和我们交流讨论。这个实际上是可以去做好多类似的研究,相信一定会有全新的突破和发现。

我也吐槽一个最近的烦恼。大家看华大去年发的几篇文章,包括刚发的这篇——时空组学做的猴脑图谱,测了1亿个细胞,一篇文章的数据量是300TB,所以今天我最烦的是买硬盘,已经没有这么多硬盘来存数据了。我相信很多地方将来最大的问题就是存储买不起,因为这个数据量都大,一个人的基因组就100GB,未来怎么解决这个问题也是大家讨论的一个热点。但这是第一次,因为生物的迅猛发展为IT提出了更高的要求。

 

最后还想再提几点。

第一个,数据必须共享。

我必须多次强调这句话,不仅仅是病友,正常人也是一样,人类基因组当时做的时候就是三句话,“共有、共为、共享”。

如果我们不能共享数据,大家都形成了数据孤岛,是一个巨大的浪费。我还是要去呼吁,如何在保护个人安全、去隐私的条件下进行国际上的分享,这也是确保发展中国家和发达国家科技不脱钩的一个非常重要的机制,希望成果共享能够健康普惠。

不管是美国、英国或者是欧盟,包括中国,大家各自有各自的遗传资源管理法,但是我们要去找它的最大公约数,数据库对罕见病来讲就是最大的科学。我觉得罕见病登记就是把这个建起来,太重要了。

 

另一个,大规模人群基因组是研究精准医学的基础。

不得不说今天我们用到的数据中,97%要不是美国、要不是英国等发达国家做的。在中国已经公开的全基因组数据里,千人基因组的时候是301个,炎黄计划的时候是1个,复旦最近那篇有争议的文章里是34个人,可能一共就400个左右,而新加坡在最近一项基因组研究当中就公布了2780个华人的数据。我们都是业内的,千万不要去讨论什么公布中国人的数据会如何如何,进而引发所谓的阴谋论,这实际上是一种网暴。

关于病友会,我也说一句。因为我们帮了各式各样的病友会做了很多的事情,原来大家就是一个线下组织,现在已经变成数字化的患者社区,而且在这个过程中一定要建一个生态,我这里就说一个,要建区块链体系,来确保每一个病友的数据授权是他自己的,但成果又可以共享。

这件事情2018年我们跟天津血液所就已经用到了,可以保证每一个病友贡献自己的数据后,万一未来数据形成产业转化了,还能把钱分给他,来实现了一个协作。举个例子,我用了你的位点,卖了10万元,你位点贡献多少,我就给你分多少钱,这样的话就把大家捧起来了。

我们不能指望看病都是遇到了大专家,让每一个人也能算算自己的小算盘。

关于未来,医学的本质很少被治愈,有时去帮助,总是去安慰。人类基本的神性,是相信相信的力量。所以这一刻我们聚在一起就是给患者以希望,这些都是我们现在能看到的。这些先进的治疗罕见病的各种各样的方法,不管是今天的粪菌移植还是基因治疗都是大热的,但一方面我们看到了快速的突破,给到很多的期望,另一方面我要明白,不管怎么发展,我们永远有解决不了的事情。这就如同“黑夜给了我们黑色的眼睛,我们要用它去寻找光明”。

今天的会议是因为举了一盏灯,大家凑在一起了,希望我们可以许一个没有罕见病的世界。不忘初心,方得始终。

谢谢各位!

视频回放中华医学会第一届全国罕见病学术年会 时间:2023/09/22~09/23 观看回放

 

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